現在保育豬的飼養，大部分還是采用水泥地面，網上平養；清糞是每天都需要做的工作。
保育豬的清糞工作，在氣溫高的夏季沒有太大的影響；但在氣溫低的時間，豬舍封閉很嚴，那清糞對豬的影響就大了。
我們知道，豬舍中的有害氣體大部分來源于糞尿，如氨氣主要來源于尿，而其它的有害氣體如硫化氫、甲烷等，則來源于糞便；但這些有害氣體并不是一下產生的，而是隨時間的延長，有害氣體的量越來越大；另外，有害氣體的產生和溫度也有關系，溫度高則產生更快，溫度低則產生慢。
保持保育舍空氣質量，就要讓糞尿產生的有害氣體少，或者是產生的時間短。
所以，合理清糞也是保持豬舍空氣質量的好辦法。
第一個辦法，是及時清理；刮糞機的使用，使這一措施得到落實；現在許多豬場已采用刮糞機模式，在第一時間將糞尿清理出豬舍。
第二個辦法是控制糞尿發酵，比如采用水泡糞模式；糞尿漏到水里，會延緩發酵時間，再結合地溝風機，豬舍的有害氣體量很小。
第三個辦法是考慮清糞時機。比如冬季，糞尿中的有害氣體盡管產生，但仍然包在糞便中，如果不翻動，氣味并不重；但如果翻動，有害氣體就會馬上散發出來；所以冬季清糞的時間，要安排在通風的時間段，即使有害氣體跑出出來，但因為能夠通風，這些有害氣體也很快跑到了豬舍外面，對豬的傷害也就減輕了。所以，在豬舍封閉嚴的冬季，要先通風后清糞。當然，如果豬舍通風系統設計合理，就像前面我們討論過的方式，那清糞的時間也就無所謂了。