黃鱔在自然環境中抗病能力很強，主要是因為黃鱔沒有人為傷害且自身體表有粘液保護難以致病。而人工養殖時，從市場上收購的黃鱔或多或少都會受傷，一旦受傷，易為病原微生物打開大門，如果養鱔池中致病微生物達到了一定數量，黃鱔就易發病，一般藥物難以奏效。因此，控制黃鱔病害顯得尤為重要。
1、引種嚴格把關。發現傷殘體弱以及肛門淡紅色患有腸炎病的黃鱔堅決剔除。
2、控制養鱔池中致病微生物數量。養鱔池必須用聚維酮碘徹底消毒，放養前鱔體用4%食鹽溶液消毒10分鐘左右，養殖過程中經常用微生物制調節水質，并內服大蒜素預防疾病。
3、控制放養密度。每平方米水面放黃鱔數量在100尾以內比較合適。
4、遮蔭降溫。黃鱔生長水溫過高易中暑死亡，所以要在養鱔池中栽種水花生、水葫蘆等植物。
5、改善水質。黃鱔對氧氣的要求較高，水質要活，因此人工微流水養鱔比較合適黃鱔的養殖要求。