大家都知道鱔魚養殖最大的成本在于苗種，苗種可以占到整個養殖成本的60%--70%，所以如果條件不好，那就寧愿不進苗，進苗損失大就劃不來了。
經常聽人說，“晚上睡覺不蓋棉絮被子的時候就可以進苗了”，一般鱔魚進苗的時間在6--7月。剛剛經過運輸的鱔魚體質本就不算好，應激性很大，這樣的鱔魚運輸回來放到池塘里，很可能會出現應激性上草，引起死亡，造成損失。所以放苗一定要選擇連續3~5個晴朗、無北風的天氣。
品系選擇：
首先要對苗種品系做出選擇，什么品種的鱔魚長的快，發病情況少，就選這個品種。鱔魚的品系主要是下面4種：
（1）、鱔魚體色為黃色大斑點的鱔魚生長最快，增重比可達1：（5~6），這當然是我們的首選；
（2）、鱔魚體色為黃色小斑點的鱔魚生長也較快，比黃色大斑點的生長較慢，增重比可達1：（3~4），這也是可以選擇的；
（3）、鱔魚體色為灰色和青色斑點細密的鱔魚生長慢，增重比可達1:（1~2），這兩種鱔魚就不適合用來養殖了。
健康個體選擇：
目前我國鱔魚苗種主要以野生苗種為主，野生苗種的捕撈以籠捕為好，電捕或鉤捕的苗種因體內有傷，受強刺激，下箱后成活率極低，生長也極其緩慢，故一定要挑選無病無傷的、個體整齊、體色光鮮、活力強的好鱔苗。主要從這兩個方面講述，外觀方面和其他的輔助方法來選擇。
外觀選擇
a、傷鱔不要：體表的傷很容易看出來，如破皮、出血、充血、身上有水蛭等寄生蟲；鉤捕和電捕的體內有傷的，受強刺激，下箱后成活率極低，生長也極其緩慢，鉤捕的口腔內會有明顯的鉤痕，電捕的身體比較僵硬；還有擠壓受傷的，這些一旦發現都不能要。
b、病鱔不要：主要表現為頭大、頸細、體弱病情嚴重的身體蜷曲；有的體表局部發白，甚至有棉絮狀的東西即水霉病，有的眼睛灰白色，有的體表粘液少，有的體表有明顯的紅色凹斑；有的肌肉腐爛，有的肛門紅腫，輕輕從腹部上面往肛門擠壓，有膿液流出。
c、藥鱔不要：沒有活力，用手一次可以抓好幾條，另外他們的腹部有小紅點，時間越長越明顯。
輔助方法選擇
a、最好不要買到陳苗，最好選擇當天捕捉的鱔種；當然有的時間段會有很多的陳苗，因天氣等原因又需要進苗，對于暫養時間長，又沒有暫養設備和措施的不能要。
b、將鱔種放入盛水的瓷盆中，選擇蛇形游動而且活力好的，體色一致，無灰白色花斑，腹部橙黃，背部黑綠；體格健壯，無病無傷者。
c、將鱔種放入深水容器中，腹部朝上浮在水面的與拼命浮頭的不能要。
d、將鱔種浸泡在3%的鹽水中，活動激烈的揀出，體表無傷的可以留用，飛竄不跳者留用；行動遲緩，甚至腹部朝上的淘汰。
運輸：
a、鱔種可用竹簍、竹筐、鐵框等工具運輸，長途運輸也可以用活魚車運輸。
b、長途運輸時可以放一些泥鰍和水草，泥鰍的好動可以攪動水體，防止鱔種相互纏繞，水草也是防止鱔種相互纏繞。鱔魚互相之間纏繞太緊就會引起發熱反應，也會因為相互之間角力，引起肌肉拉傷或內臟傷害，造成鱔種傷害。
c、因為鱔魚在運輸過程中會分泌大量的粘液，對其有很好的防護作用，對菌有一定的抑制作用，所以建議在運輸時使用抗應激的藥泡苗，增強體質，增加粘液的分泌。
鱔魚養殖苗種至關重要，品系的選擇、健康個體的選擇和苗種的運輸都是進苗時的關鍵事項，應做好相關事宜。