目前人工養殖黃鱔常見的疾病有水霉病、細菌性腐皮病、赤皮病、出血病、腸炎病、毛細線蟲病、隱鞭蟲病、萎癟病、錐體蟲病、棘頭蟲病、水蛭病等。黃鱔發病之初往往難以發覺，一旦發病癥狀明顯，再進行治療不但操作麻煩，而且會給養殖生產帶來一定的經濟損失。故人工養殖黃鱔必須按“全面預防，積極治療”的方針，采取“無病先防，有病早治，防重于治”。在實際操作中要把好“三關”：其一是把好環境關;其二是把好消毒關;其三是把好管理關。下面將常見病的防治介紹如下：
腸炎病防治
加強飼養管理，按“四定”投餌，不投喂腐敗變質飼料，防止饑飽無度。定期用欣碘一瓶60—80個網箱(6平方)消毒殺菌。內服氟伴欣一包拌100斤餌料+彼奧酸一包拌800斤餌料：連用3天～6天。
赤皮病、腐皮病防治
鱔魚池用生石灰徹底消毒，消滅病原體。保持水質清新定期用欣碘一瓶60—80個網箱(6平方)消毒殺菌。 捕撈、運輸、放養操作細致，盡量避免魚體受傷。定期換水、消毒，保持水質清新。
萎癟病防治
同一鱔魚池規格整齊，防止爭食。放養密度適宜，密度過大，應及時分池。飼料要求營養全面、豐富，投均勻，滿足鱔魚攝食生長。定期內服拜水安一包/800斤餌料+德維樂一包/1000斤餌料。