黃鱔和品種很多，大體上可分為黃、白、青、赤、黑幾種，其中生命力最強的是青、黃兩種，脊側和勁部黃色的也為優良。為了確保養殖產量高效益，在發展黃鱔養殖生產上要逐步做到選優去劣，培育和使用優良品種。
(1)苗種的來源。目前鱔魚的來源主要靠采捕或購買天然幼鱔。春天，氣溫回升是捕捉鱔種的最好季節，其他季節可利用黃鱔夜間覓食的習性來捕捉。捕苗一方法以鱔籠誘捕和手捉為好。
此外，撈取黃鱔受精卵，進行人工卵化，培育黃鱔苗，也是一個好辦法。
(2)苗種的質量。體質健壯，無病無傷的可作為苗種。那些用鉤捕受傷的，放養后成活率低，即使不死，生長也相當緩慢。因此，一般不宜選用。在捕捉鱔魚種苗時，不要用鐵絲鉤傷鱔魚。如在市場上購買，則不能買用糖精、火湯喂過的鱔苗。
(3)苗種規格。苗種規格一般以每千克20—40尾為宜。這種規格的苗種整齊，生活力強，放養后成活率高，增重快，產量高。鱔種規格過小，攝食