選購或留用的鱔種苗，由于捕撈、暫養及運輸中受傷或受病害感染，難免有質量不好的，在以后的飼養中會不斷發病死亡，而且還會感染其他鱔種，因此一定要在飼養前淘汰。通過以下的方法可淘汰劣質鱔種。
感官篩選法
是在實踐中不斷總結經驗，憑自己的感覺和經驗進行篩選。鱔苗種健康活潑歡躍，用手捉住時鱔苗種能抬頭且掙扎有力，鱔肌肉緊繃。若身體、尾部扭曲，發紅斑，肛門紅腫，以及用手捉鱔時鱔體軟綿無力為劣質鱔種。
水流篩選法
鱔魚喜歡逆水行動，用適當的力將鱔池內的水按一定方向攪動，鱔魚朝相反的方向游行(頂水行動)，活動自如，那是正常鱔;若是跟著水流走、無力游動的為質量不好的鱔種苗。
拍打篩選法
根據野生鱔平時驚動少的特性來篩選。篩選時用淺盆盛裝鱔魚，然后輕拍盆沿，質量好的鱔種會往外跳，跳不動或不跳者是劣質鱔種，但是受傷和患寄生蟲病的鱔種也往外跳，所以要仔細鑒別篩選。
行為篩選法
根據鱔魚的群聚性來篩選。在無土的水體中，鱔魚成群地往四角鉆頂的為質量好的鱔種，單獨游走活動無力的為劣質鱔種。
入穴篩選法
根據鱔魚喜居洞穴的特性來篩選。將鱔種放入有土或者是有水草的水體，在 2 小時左右鉆入洞穴或水草的鱔種為好鱔種，不鉆洞或不鉆草，或是鉆頭不鉆尾，再或是鉆進一會又出來的，大都是不好的鱔種;也有一部分質量不好的鱔種能鉆洞或鉆草。